北京未来城市设计高精尖创新中心采用理事会领导下的主任负责制，积极发挥学术委员会的学术主导作用，成立监督委员会作为中心评审机构，组建国际咨询委员会、运行委员会等“6轮驱动”协同管理模式。

　　一、理事会

　　中心最高的决策机构，由核心成员单位和部分协同单位代表组成。制定和修订理事会章程；组织招聘和推荐中心主任人选；审议批准成立国际咨询委员会、学术委员会，聘任主任及其成员；批准中心各项规章制度；制定和审议发展战略规划；批准年度财务预算方案、决算方案；审议其它重大事项。

　　二、学术委员会

　　中心的学术指导机构，聘请国内外城市设计相关领域的顶尖专家组成。下设招聘委员会、教学委员会以及评价委员会等，负责审议中心的科研规划；遴选国际领军创新人才及国内优质创新资源，指导中心组建学术团队；评价各项科研成果的学术价值、评议科技人员的学术水平和成就。

　　三、国际咨询委员会

　　聘请城市设计相关领域顶级的国际大师专家组成国际咨询委员会，委员会人选由学术委员会推荐，由理事会审议聘任，每年至少召开一次会议。主要职责是对中心的学术方向、重大学术活动、国际学术交流等提供咨询和建议以及促进中心与国际相关机构的交流与合作。

　　四、监督委员会

　　中心的评审机构，对业务开展、资金使用、效果达成等相关重大事项进行审议。

　　五、中心主任

　　全权负责中心的日常运行和管理工作，批准管理岗位设置及其人员的聘任与解聘；审定年度经费预算；代表中心签署研究合同、合作协议和法律文件等；组织国内外重要学术交流活动与合作研究；向理事会提交年度工作报告；承担理事会交办的各项工作。

　　六、运行委员会

　　运行委员会是中心主任领导下的行政服务机构，下设综合事务办公室、人才培养事务办公室、学术研究与国际交流办公室、技术转移与成果转化办公室等。